光球表面另一种著名的活动现象便是太阳黑子 。黑子是光球层上的巨大气流旋涡 ，大多呈现近椭圆形，在明亮的光球背景反衬下显得比较暗黑
，但实际上它们的温度高达4000℃左右，倘若能把黑子单独取出 ，一个大黑子便可以发出相当于满月的光芒
。日面上黑子出现的情况不断变化
，这种变化反映了太阳辐射能量的变化。太阳黑子的变化存在复杂的周期现象，平均活动周期为11.2年 。

紧贴光球以上的一层大气称为色球层 ，平时不易被观测到
，过去这一区域只是在日全食时才能被看到
。当月亮遮掩了光球明亮光辉的一瞬间，人们能发现日轮边缘上有一层玫瑰红的绚丽光彩 ，那就是色球。色球层厚约8000千米,它的化学组成与光球基本上相同
，但色球层内的物质密度和压力要比光球低得多 。日常生活中，离热源越远处温度越低 ，而太阳大气的情况却截然相反
，光球顶部接近色球处的温度差不多是4300℃，到了色球顶部温度竟高达几万度 ，再往上，到了日冕区温度陡然升至上百万度
。人们对这种反常增温现象感到疑惑不解
，至今也没有找